Задания 7

1. Найдите для трёх ваших белков PDB-коды структур наиболее близких белков с представленной в PDB структурой. Для каждого укажите PDB-код, тип экспериментальных данных (X-ray токого-то разрешения или NMR) идентификатор цепи (цепей) представляющей белок, % идентичности с вашим белком, а также какая часть вашего белка представлена 3D структурой его самого или гомолога (в виде "X остатков из Y").

Указания. На сайте PDB слева вверху пройти по гиперссылке "Advanced", в разделе "Choose a query type" выберите "Sequence" и скопируйте в окошко Sequence последовательность. После нажатия кнопки "Search" список находок появится под голубой чертой (ниже раздела Query refinements"). Чтобы увидеть характеристики выравнивания, нажмите малозаметную гиперссылку "Display full alignment".

2. Запустите Jmol и откройте какую-нибудь PDB-запись (File → Get PDB). Испытайте действие всех сочетаний клавиш <Ctrl> и <Shift> с кнопками мыши и движениями мыши по вертикали и горизонтали. Занесите в протокол описание эффекта каждого сочетания (лучше в виде таблицы).

3. Создайте изображения одной из цепей белка в выбранной записи в четырёх визуализациях: шариковой, проволочной, шарнирной и остовной; экспортируйте изображения в графические файлы.

Указания. Щелчок правой кнопки мыши по графическому полю вызывает меню, в котором надо выбрать "Консоль" (окошко с командной строкой). Далее смотрите мини учебник по RasMol (Jmol понимает почти все команды RasMol'а).

Чтобы научиться более изощрённой визуализации в Jmol, смотрите онлайн-справочник команд, особое внимание обратите на раздел "atom expressions".

_

Презентация по филогенетическим деревьям