Указания

· Запустите Jalview, закройте все "демонстрационные" окошки.

· Закачайте последовательности в Jalview. Это можно сделать двумя способами:

1. Сохраните последовательности белков в файл в fasta-формате, пользуясь сервисами Uniprot. После этого откройте этот файл программой Jalview (File → Input alignment → From file).

2. Альтернативный способ: в Jalview: File → Fetch sequences, в меню "Select database" выбираете Uniprot, в окошко вносите AC последовательностей через точку с запятой, нажимаете OK и ждёте некоторое время.

· Постройте выравнивание: Web service → Alignment → Muscle (или Mafft, или Probcons, или Tcoffee) with defaults.

· Отредактируйте названия последовательностей, убрав повторяющуюся информацию. Чтобы редактировать названия, нужно щёлкнуть правой кнопкой мыши по названию, в открывшемся меню выбрать это самое название и далее "Edit name/description". Описание лучше не трогать, а в названии имеет смысл оставить только первый AC и ID (через вертикальную черту). Или даже только ID, а AC перенести в описание. Немного "поиграв" курсором мыши, можно научиться менять величину места, отведённого под названия (имеет смысл его минимизировать, чтобы удобнее было смотреть само выравнивание).

· В меню Colour выберите наиболее информативную, по вашему мнению, раскраску (а основная информация, которую мы получаем из выравнивания – это возможности замены остатков интересующего нас белка в его гомологах; раскраска должна облегчать восприятие этой информации).

· Посмотрите в поле FT аннотации вашего белка. Если там указаны какие-либо функции отдельных остатков, найдите их в выравнивании и обратите внимание на их консервативность. В Jalview над выравниванием по умолчанию приведены номера колонок (которые, конечно, как правило не совпадают с номерами остатков в отдельных белках). Чтобы узнать номер конкретного остатка в конкретном белке, наведите курсор мыши на букву – информация появится внизу окна выравнивания.

· Опишите в протоколе всё интересное, что вам удалось узнать из анализа выравнивния, а также технические трудности и недоумения, с которыми пришлось столкнуться.

· Сохраните проект Jalview (файл с расширением jar).

Присылайте jar-файлы и протоколы (в этот раз давайте без сроков, но чем раньше, тем лучше – у меня будет больше возможностей внимательно посмотреть )

Практическая биоинформатика для I курса школы биоинформатики (весна 2014)

Преподаватель: Сергей Александрович Спирин [email protected] и [email protected] (оба mail'а сейчас работают!).

Последнее занятие: 14 мая. Зачёт будет ставится по присланным результатам выполнения заданий. На занятии 14 мая можно будет доделать то, что не получилось.