Задания 1

Bioinformatics and Functional Genomics

(second edition)

Welcome to the website for Bioinformatics and Functional Genomics (2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009). This site features a complete bioinformatics teaching curriculum: powerpoints for an entire course taught at the Johns Hopkins School of Medicine, and web site links organized by chapter in the new textbook, Bioinformatics and Functional Genomics. A separate resource (at the Wiley Higher Education site) is available to instructors, providing detailed solutions to problems.

http://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/

Добро пожаловать на kodomo, сервер компьютерного класса ФББ

Большинство ресурсов можно обнаружить в меню справа. Наиболее интересны из них, наверное:

· Сайт Факультета биоинженерии и биоинформатики

· Базовые курсы биоинформатики: 2002-2009г.г.

o 2010 (5-й курс), 2011 (4-й курс), 2012 (3-й курс), 2013 (2-й курс), 2014 (1-й курс)

· Дополнительные курсы биоинформатики

· Справочные материалы

· Список студентов и их домашних страниц

· Хелпы по всему kodomo'шному, правила, полезная техническая информация

· Зарегистрироваться

Задания 1

· Установить на свой компьютер следующие программы:

Обязательно: mEMBOSS (Windows) или EMBOSS (Linux, Mac).

Инструкции по установке здесь, по использованию здесь.

· Желательно: PHYLIP, Jalview, Jmol; если у вас компьютер под Windows, то CygWin и MEGA.

· Найти в Swiss-Prot (то есть среди записей Uniprot, помеченных как Reviewed) по белку с известной вам функцией из человека, дрожжей и E. coli. Для каждого сохранить на своём компьютере файл с полной записью и файл с последовательностью в формате fasta. Определить для каждого идентификатор какой-нибудь записи EMBL с геном этого белка. Сохранить на своём компьютере файл с этой записью EMBL и файл в формате fasta с последовательностью гена белка.

Файлы с записями Swiss-Prot должны иметь расширение "sw", файлы с записями EMBL – расширение "embl", файлы в fasta-формате – расширение "fasta". Файлы присылайте мне в виде одного архива.

Указания

Презентация по выравниваниям