Задания 2

· Установить на свой компьютер пакет BLAST+ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/2.2.29

· Завести протокол (в одном из стандартных форматов:.txt,.doc,.rtf,.odt и т.п.), в который заносить краткую информацию о последующих действиях и их результатах.

· Получить для каждого из белков первого задания список записей Swiss-Prot с той же мнемоникой функции, что у исходного белка (например, если белок имел ID "AAA_HUMAN", то список всех белков, чьё ID начинается с "AAA"), из таксона: Mammalia для белка человека, Fungi для белка дрожжей, Gammaproteobacteria для белка E. coli.

Если ни одного такого белка, кроме исходного, нет, записать это в протоколе и получить список белков из Swiss-Prot ("Reviewed") с той же или примерно той же функцией (по полю DE).

· Сохранить в виде файла с расширением "sw" полные записи одного из белков каждого списка (то есть по одному предполагаемому гомологу для каждого из исходных трёх белков). Занести в протокол описание того, как проаннотирована в каждой из записей функция белка (по полям DE и CC), в чём сходство и различие в аннотации в каждой паре белков.

· Выполнить программой needle глобальное выранивание каждой пары белков. Результат сохранить в файл с расширением needle (желательно "aaa.needle", если белки имеют мнемонику функции "aaa"). Выполнить локальное выравнивание программой water, результат сохранить в файл с расширением water. Занести в протокол характеристики выравниваний и вывод: свидетельствует ли сходство последовательностей о гомологии белков, если да, то по всей ли длине белки гомологичны.

· Для пары с наименьшим процентом идентичности выполнить глобальное и локальное выравнивание одного из белков с перемешанной последовательностью другого, сравнить результаты с выравниваниями натуральных последовательностей, сделать выводы.

· Для пары с наибольшим процентом идентичности выполнить глобальное выравнивание кодирующих нуклеотидных последовательностей белков. Если считать выравнивание аминокислотных остатков полностью правильным, то сколько (примерно) процентов нуклеотидов выровнялось правильно? (Для умеющих программировать дополнительное задание: написать скрипт, который вычисляет этот процент точно).

Все полученные файлы и протокол нужно прислать в виде одного архива не позднее 3 апреля 2014.

Указания