В области астрономии

Против ключевого аргумента «Новой хронологии» — анализа астрономических событий — выдвигались возражения ряда астрономов[15][24]; указывались ошибки Фоменко и его предшественника Морозова в интерпретации источников, а также неточности с собственно астрономической точки зрения.

Массированной критике подвергся анализ «Альмагеста» Птолемея. По мнению астрономов-критиков «Новой хронологии», «Альмагест» однозначно опровергает теорию Фоменко, так как содержит 107 датированных астрономических наблюдений[25], точно соответствующих принятому в классической хронологии времени жизни Птолемея (II век) и цитируемых более ранних астрономов. Критики заявляют, что даже если не пользоваться тем материалом, который мог быть сфальсифицирован с неясной целью, оставшиеся данные подтверждают существующую хронологию. Например, средневековые фальсификаторы не могли знать о движении некоторых звёзд, по которым «Альмагест» также датируется античным временем. Современные точные теории движения Луны и планет не были известны во время предполагаемой фальсификации, поэтому фазы затмений и моменты соединений планет со звёздами, указанные в «Альмагесте», не могли быть вычислены с приведённой в нём точностью. Кроме того, критики указывают, что Фоменко неверно отождествляет многие астрономические явления, упоминавшиеся в «Альмагесте» со схожими событиями более позднего времени. Например, ряд древних лунных затмений (примерно одно из трёх) в результате передатировки сопоставляются с затмениями, которые не могли наблюдаться в Средиземноморье.

Более того, критики утверждают, что при анализе «Альмагеста» была применена прямая подтасовка исходных данных[26][27] при выделении звёзд, используемых для датировки, авторы «Новой хронологии» целенаправленно отобрали только те, чьи собственные движения в пределах ошибок вычислений могли дать поздние даты, а затем постфактум придумали обоснования для исключения всех остальных звёзд, учёт собственного движения которых даёт с высокой точностью датировку, близкую к существующей.

По поводу затмений Фукидида позиция критиков состоит в следующем. Описание появления звёзд во время первого (кольцеобразного солнечного) затмения триады, фаза которого в Афинах, по современным расчётам, составляла более 80 %, может быть художественным преувеличением автора или относится к Венере, которая в момент затмения (3 августа 431 г. до н. э.) имела блеск, близкий к максимальному. В таких условиях видимости Венера может наблюдаться на дневном небе невооружённым глазом, даже в отсутствие солнечного затмения, а тем более при пятикратном ослаблении солнечного света. Р. Ньютон предположил, что Фукидид мог наблюдать затмение не в Афинах, а во Фракии (его семья владела там золотыми рудниками), где затмение было почти полным — с фазой 0,98[28]. Наконец замечено, что солнечное затмение 1039 года, предлагаемое на роль первого затмения «триады Фукидида», также было кольцеобразным и в Афинах имело даже меньшую фазу (около 70 %), чем затмение 431 г. до н. э. Другие затмения, описанные древними авторами, также убедительно датируются[24][29]. Безотносительно к вопросу, действительно ли могли быть видны звёзды во время отдельного затмения, обращает на себя внимание сам метод Фоменко: отбрасывая многие совершенно однозначные утверждения источников, как и сами источники, автор проявляет абсолютное и некритическое доверие к одному утверждению — описанию неясной степени точности, сделанному неастрономом через много лет после события. Между тем специфика исторических и литературных источников в том и состоит, что мы в них имеем дело не с механической фиксацией факта (как, например, на фотографии или профессионально сделанном описании физического явления), а с преломлением факта в индивидуальном и коллективном сознании — работа с таким материалом требует особой методики, не имеющей ничего общего с методиками естественных и точных наук. Описания астрономических явлений в источниках, особенно средневековых, вообще нередко гиперболизированы и даже просто фантастичны. Поэтому, если бы и было доказано, что звёзды не могли быть видны во время затмения 431 г. до н. э. — это бы свидетельствовало о неточности описания Фукидида (активно прибегавшего к «вымышленным речам» и другим риторическим украшениям), но отнюдь не о неверности всей хронологии древней истории.

В целом, по мнению учёных-критиков, практически все описанные в исторических источниках астрономические явления вписываются в известную хронологию. Имеющиеся редкие исключения, вызванные, возможно, случайными ошибками, не дают основания для массированной передатировки всей истории. Например, собственное движение звезды (Арктур) согласуется с «Новой хронологией». Однако в «Альмагесте» координаты соседних с Арктуром звёзд созвездия Волопаса (с малым собственным движением) даны с систематической ошибкой. При поправке движения Арктура на эту ошибку получается результат, подтверждающий существующую хронологию. Утверждается, что «Новая хронология» порождает неизмеримо большие противоречия с историческими описаниями астрономических явлений в источниках[15].

Тем не менее, теория Фоменко косвенно стимулировала решение одной из проблем истории астрономии. Именно в полемике с Фоменко Ю. А. Завенягин ещё в 1982 г. предложил просчитать время определения координат звезд из каталога «Альмагеста», основываясь исключительно на их собственных движениях, ставших известными лишь в XVIII—XIX веках. В 1989—2000 гг. эта работа была проделана Ю. Н. Ефремовым, Е. Д. Павловской и А. К. Дамбисом и независимо от них М. Л. Городецким (подробнее см. в статье Ю. Н. Ефремова, Бюллетень «В защиту науки» № 2, 2007, с. 100). Результаты показали, что многие звезды наблюдались около II в. до н. э. Таким образом была подтверждена версия, что основная часть «Альмагеста» — результат не собственных наблюдений Птолемея, а пересчета им на свою эпоху данных более раннего каталога Гиппарха[16].