Четвертый, заключительный, период – 14 сентября – 8 декабря 1965 г.

Создается “Синод епископов” – безвластный консультативный орган при папе.

Самым спорным документом Второго Ватиканского собора стала декларация о религиозной свободе Dignitatis Humanae, за которую проголосовали 1997, а против – 224 члена собора.

Ожесточенные споры вызвала и декларация Nostra Aetate, которая снимала с иудеев вину за Распятие Спасителя и осуждала антисемитизм.

Nostra aetate провозглашает, что католическая церковь не отвергает ничего истинного и святого, что есть в нехристианских религиях. Согласно заявлению Августина Беа, готовившего Nostra Aetate, хотя в декларации говорится о всех нехристианах, отношения католицизма с иудеями были главным вопросом, который стремился разрешить Второй Ватиканский собор. В ходе подготовки документа Беа консультировался с ведущими представителями иудейской общины через посредство председателя Всемирного еврейского конгресса Наума Гольдмана. Под “иудеями”, согласно Беа, подразумеваются все потомки Авраама, с которыми Бог заключил Завет, и, утверждает Беа в соборном документе, этот завет сохраняется неизменным и с иудеями, отвергшими Христа. Поэтому иудеи не должны изображаться как отверженные или проклятые Богом. Общее духовное наследие Христиан и иудеев настолько велико, что священный собор стремится поддержать это взаимопонимание и уважение, которое возникает как в результате библиологических и богословских исследований, так и братского диалога.

В последний день работы Второго Ватиканского собора обнародован текст совместной декларации Павла VI и Патриарха Афинагора о взаимном “снятии” анафем 1054 г. Беа зачитал послание Павла VI Ambulate in dilectione о снятии отлучения с Константинопольского Патриарха Михаила I Кирулария. В свою очередь представителем Константинопольского Патриархата, митр. Илиупольским и Фирским Мелитоном, был оглашен томос Патриарха Афинагорао снятии анафемы с кардинала Гумберта и др. папских легатов.