ISSR-PCR

Для проведения ISSR-PCR (Inter-Simple Sequence Repeat - Polymerase Chain Reaction) необходимо использование праймеров, комплементарных микросателлитным повторам и несущих на одном из концов последовательность из одного-двух произвольных нуклеотидов. Такие праймеры позволяют амплифицировать фрагменты ДНК, находящиеся между двумя близко расположенными микросателлитами. Это метод не требует предварительной расшифровки нуклеотидной последовательности исследуемой ДНК.

В 2010 году В.И. Глазко с соавторами выполнили сравнительный анализ спектров фрагментов ДНК, фланкированных декануклеотидами и микросателлитными локусами у зубров, бизонов и ряда пород крупного рогатого скота. Полученные ими данные по генетическому полиморфизму с использованием ISSR-маркера (AG)9C, достаточно точно отражают как селекционную историю, так и современное состояние исследуемых пород. Им также удалось выявить локусы, консервативные у всех пород, вариабельные участки и сочетания фрагментов ДНК, присутствие которых имеет породоспецифичные особенности [В.И. Глазко и др., 2010].

В лаборатории сравнительной генетики животных ИОГен РАН проводятся с помощью ISSR-анализа проводятся исследования отечественных и зарубежных пород крупного рогатого скота. По ряду подобранных ISSR-праймеров охарактеризованы ярославская, бестужевская и калмыцкая породы КРС. НА примере двух выборок ярославского скота, полученных из разных хозяйств с помощью AG- ISSR и GA- ISSR раймеров показан пример внутривидового полиморфизма и высокая разрешающая способность этого метода [Сулимова Г.Е., 2006].

AFLP (amplification fragment length polymorphism, или полиморфизм длин продуктов рестрикции) включает три этапа:

1. рестрикцию ДНК и лигирование со специфическими олигонуклеотидными адаптерами;

2. избирательную амплификацию наборов рестрикционных фрагментов со специально сконструированными праймерами;

3. гель-электрофорез

Праймеры подбираются таким образом, чтобы они содержали последовательность компелементарную к адаптеру и сайту рестрикции и последовательность произвольно выбранных нуклеотидов [Vos et al. 1995].

AFLP-маркеры успешно используются в изучении филогенетических связей пород крупного рогатого скота и родственных видов, при анализе геномного полиморфизма крупного рогатого скота, в селекционных программах.

Отечественные порода крупного рогатого скота с использованием этого метода не исследованы [Сулимова Г.Е.].

REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism) – полимеразная цепная реакция с применением праймера к фрагменту LTR ретротранспозона и праймера к рядом расположенному к ретротраспозону простому микросателлитному повтору. К достоинствам метода относятся относительная простота и потенциально большое количество комбинаций при подборе праймеров к различным ретротранспозонам и микросптеллитам [Харченко П.Н., Глазко В.И., 2006]. Этот метод широко применяется для картирования генома и поиска маркеров у растений.