Масс-спектрометрическое секвенирование

Это метод очень чувствителен, достоверно детектирует гомо- и гетерозиготы и позволяет оценить долю SNP при анализе нескольких образцов одновременно. При анализе ионизированные фрагменты ДНК разгоняются в электрическом поле и направляются через вакуумную камеру к детектору. Время движения обратно пропорционально скорости молекулы, которая, в свою очередь прямо пропорциональна отношению массы летящей молекулы к ее заряду. Эти параметры (отношение массы к заряду) - уникальны для каждой молекулы и определяются исключительно ее нуклеотидной последовательностью.

Микросателлиты — тандемно-повторяющиеся участки ядерной ДНК и ДНК органелл (митохондрий и пластид), состоящие из повторяющихся последовательностей нуклеотидов длиной от 1 до 6 пар оснований. Общий размер повторяющейся последовательности обычно не превышает 100 н.п.

Микросателлиты – первые полученные с использованием ПЦР, высокополиморфные маркеры для индивидуальных локусов. Эти маркеры известны под названиями: микросателлиты, STMS (Sequence Tagged Microsattelite Site), STR (short tandem repeat), SSR (simple sequence repeat) [Сулимова Г.Е., 2006].

Микросателлиты характеризуются высокой скоростью изменения последовательностей, обусловленной «проскальзыванием» при репликации ДНК и точечными мутациями.

На данный момент выделено и описано более 2000 микросателлитов в геноме крупного рогатого скота (база данных INRA, Франция) и их количество постоянно увеличивается. Микросателлиты имеют ряд преимуществ перед другими маркирующими системами: они множественны, высокополиморфны, широко распространены по всем хромосомам, легко выявляются и идентифицируются. С открытием микросателлитов появилась возможность достоверно определять происхождение животных, осуществлять маркировку некоторых генетических локусов, связанных с продуктивностью, характеризовать генетическую структуры популяций и степень инбредности, оценивать генетические расстояния между семействами, линиями, породами и видами животных, строить филогенетические ряды [Machugh D.E. et al, 1998; Peelman L.J. et al., 1998; Slate J. et al., 1998; George М. et al., 1993; Ron М. et al.,1994; Georges M. et al, 1995; Ohba Y. et al.,1999; Heyen D. W. et al., 1997; Kato Y. et al, 1998].

Отечественные породы КРС практически не идентифицированы по микросателлитным локусам [Сулимова Г.Е., 2006]. В имеющихся работах отмечается малоинформативность некоторых микросателлитных маркеров для пород крупного рогатого скота. Так в работах Удиной и др., 2001 и Хатами и др., 2005 при микросателлитном анализе 5’-нетранслируемой области гена пролактина у четырех пород КРС на территории России: красная горбатовская, ярославская, айрширская и черно-пестрая было выявлено только два аллеля и уровень гетерозиготности составлял от 3 до 24% [Удиной и др., 2001; Хатами и др., 2005]

В настоящее время разработаны чрезвычайно эффективные методы анализа микросателлитов. Diehl предложил использовать праймеры, меченые флуоресцентной краской, для PCR анализа динуклеотидных повторов с последующей детекцией продуктов реакции с помощью автоматического лазерного детектора фрагментов ДНК [Diehl S.R. e. a., 1990].

Ziegle с соавторами разработали автоматизированный метод анализа тандемных повторов с помощью стандартных автоматических секвенаторов ДНК [Ziegle J.S. e. a., 1992].