Нововведения

• Здоровье игрока в игре медленно восстанавливается, но кровотечение стало более грозным фактором, так как само по себе полностью не проходит (может быть остановлено только бинтом, специализированной аптечкой или соответствующим артефактом).
• На смену статическим трекам пришла динамическая музыка. Во время нарастания напряжения во внутриигровых событиях (например, перестрелке) музыка переходит от мелодичной к напряжённой.
• На экране появляется предупреждение о находящейся рядом гранате — враги могут теперь кидать в игрока гранаты.
• Полностью переработаны концепты КПК. Теперь в нём можно найти всю информацию о войне группировок, на карте отображаются места вероятного присутствия противника (в том числе и мутантов) и так далее. Также теперь в нём нет разделов «Энциклопедия», «Местный фольклор», «Ранги», «Контакты» и «Данные».
• Некоторые персонажи за отдельную плату могут давать наводки на тайники.
• Главный герой может улучшать оружие и броню у механиков, которые присутствуют на базе каждой группировки (за исключением тех, которые не отмечаются на КПК в разделе «Война группировок»). Следует заметить, что без улучшений оружие имеет столь низкие характеристики, что не годится для серьёзного боя. К тому же, апгрейды требуются для появления стандартных для данного оружия функций, например, возможности крепления подствольника на АК-74.
• Оружие и броню можно ремонтировать у механиков и у некоторых других персонажей (Лесник в Рыжем лесу, командиры отрядов «Чистого неба» в Лиманске и Госпитале) за определённую цену (в зависимости от степени повреждения и от цены оружия/брони).
• Во всех локациях (кроме Лиманска, Госпиталя и ЧАЭС) размещены несколько проводников — персонажей, способных за определённую плату (в зависимости от расстояния) мгновенно сопроводить игрока в определённое место. Доступность этих мест для сопровождения зависит, во-первых, от того, заняты ли они врагами той группировки, к которой принадлежит проводник, и, во-вторых, от того, побывал ли раньше в этом месте главный персонаж. Бесплатно можно пользоваться только услугами проводника «Чистого неба».
• В мае 2009 года вышла украинская локализация игры, она устанавливается на русскую версию с любым патчем. По заявлению разработчиков, локализация — «еще более реалистично представляет каждую группировку, так например „Долг“ говорит на русском языке, а бандиты в основном говорят на суржике — что в комплексе добавляет особый колорит»^[3]. На украинском говорят Сталкеры, Ученые, «Чистое небо» и «Свобода», на русском — военные, «Долг» и «Монолит».
• Шрама за всю игру никто не называет по имени, кроме наемника по-имени «Леший», все остальные персонажи зовут его просто «Наёмник».
• Артефакты теперь нужно искать с помощью детекторов. Просто так их не увидеть.