Задания 5

Отчёт по всем заданиям – в виде протокола с описанием результатов, по заданию 1 присылайте также сохранённые проекты Jalview (jar-файлы).

1. Для трёх своих белков определите, какие мотивы (паттерны и профили) Prosite находятся в каждом из них: как они называются, какого типа (паттерн или профиль), координаты в последовательности. Хотя бы для одного из белков: в Jalview на выравнивании белка с его гомологами для каждой найденной записи Prosite выделите соответствующиий участок своего белка и всё, что с ним выравнивается, и назовите получившуюся группу идентификатором банка Prosite.

Указания. На http://prosite.expasy.org/ помещаете в окошко "Quick Scan mode of ScanProsite" последовательность или AC белка. Чтобы завести в Jalview "группу" и дать ей название: выделяете мышью прямоугольник на выравнивании, щёлкаете по нему правой кнопкой мыши, выбираете Selection → Group → Edit name.... При ошибке: чтобы отменить выделение, нажмите клавишу Esc, чтобы уничтожить все группы – <Ctrl+U>.

2. Для тех же белков определите, какие эволюционные домены банка Pfam в них находятся: приведите их AC (начинаются с "PF"), названия и координаты в последовательности.

3. Дополнительное задание по паттернам и профилям

ШАД. Практическая биоинформатика для не-биологов

2012, осень, нояб-дек А.В. Алексеевский, С.А, Спирин

Расписание

Ведомость

Занятия 1-2. БД последовательностей. SRS

20 нояб 2012

[презентация (DBs)] [презентация о SRS] [БД на сайте NCBI] [задания]

Занятия 3-4. Выравнивание. BLAST. Филогения.

27 нояб 2012

[презентация (Alignment)] [задания] [контиги]

Занятия 5-6. Молекулярная филогения

4 дек 2012

[задания] [презентация]

Занятия 7-8. Геномные браузеры

11 дек 2012

[задания] [указания]

Занятия 9-10. Пространственные структуры: PDB и Jmol

18 дек 2012

[задания] [указания] [имена атомов]