ГЛАВА 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях

Моделирование динамики RyR-канала проводилось в рамках схемы, представленной на рисунке 3.1. Данная схема предполагает наличие трех энергетических уровней (E₊, E_-, I), двух типов переходов между ними и медленной конформационной динамики к минимумам конформационного потенциала.

В ходе проведения численных экспериментов изучались зависимости конформационной координаты Q RyR-канала от времени при постоянном значении cis[Ca] для различных значений основных параметров ЭК модели (рис. 3.2).

Варьирование параметров модели меняет характер динамики RyR-канала. Как видно из графиков, коэффициент упругости канала К влияет на максимальное и минимальное значения конформационной координаты Q. Параметр эффективного трения Г влияет на скорость релаксации RyR-канала к локальному минимуму КП. Видно, что при достаточно малых значениях Г наблюдается колебательный характер динамики RyR-канала вблизи конформационного минимума, а при достаточно больших Г колебаний вблизи минимума не наблюдается.

В ЭК модели, согласно формуле (2.10), вероятность электронных переходов зависит от концентрации Са²⁺ в cis-части, в связи с этим, при изменении cis[Ca] меняется частота переходов канала из одного состояния в другое и длительность пребывания в открытом и закрытом состояниях.

Подробно влияние параметров модели на характер динамики RyR-канала рассмотрено в данной работе далее (см. п.п. 3.2.1, 3.2.2).