Посол в Санкт-Петербурге.

30 июля (12 августа) 1804 года Франц II Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг принужден был по требованию Наполеона Бонапарте провозгласить себя Императором Австрии. В тоже время Государь, не смирившись с поражением от Франции, начал вести активные международные переговоры для возобновления войны с Францией.

Для этой цели Император отправил Графа Иоганна Филиппа Карла Иосифа Стадион фон Вартхаузен послом в Царствующий град Санкт-Петербурге ко Двору Государя Императора Александра I Павловича, с целью склонить Императора Всероссийского войти в третью коалицию против Императора французов Наполеона I Бонапарте.

Миссия Графа успешно осуществилась. Во многом благодаря его усилиям в августе 1805 года сложилась третья антифранцузская коалиция, состоящая из Великобритании, Австрийской и Российской Империй и Королевств Швеция и Неаполь.

Граф Иоганн Филипп Карл Иосиф Стадион фон Вартхаузен сопровождал Государя Императора Александра I Павловича в его поездке в действующую армию. Однако вскоре и эта кампания для Австрийской Империи вновь оказалась неудачной, как и все предыдущие. В октябре 1805 года австрийцы имперские войска капитулировали в сражении при Ульме, а первого (14) ноября 1805 года Император Наполеон I де Бонапарте вступил в блистательную Вену, которую накануне Император Франц I Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг принужден был покинуть в страшном смятении.

20 ноября (3 декабря) 1805 года Русская и Австрийская Императорские армии потерпели сокрушительное поражение под г. Аустерлиц. Императору не оставалось другого выбора, как подчиниться условиям победителя: через два дня Государь встретился с Императором Наполеоном I де Бонапарте в его лагере у бивуачного костра и договорился о предварительных условиях перемирия.

Пресбургский мир.

14 (27) декабря 1805 года при участии Графа Иоганна Филиппа Карла Иосифа Стадиона фон Вартхаузен подписан был тяжелый для Империи Пресбургский договор, по которому Государь Франц I Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг уступил врагу все имперские владения в Италии, а также Истрию и Далмацию, признав Императора Наполеона I де Бонапарте Королем Италии.

Кроме того, значительные территориальныве уступки сделаны были немецким союзникам Императорской Франции — ранее поверженным Королевствам Вюртемберг и Бавария. Фактически Австрийская Империя вытеснена была из Италии и всей Германии, что оказалось смертным приговором для «Священной Римской Империи Германской нации».

В августе 1806 года Император Франц I Иосиф Карл фон Габсбург-Лотаринг по требованию Императора Наполеона I Бонапарте отказался от титула «Римского Императора» и освободил всех членов Империи от обязанностей, наложенных на них Имперской конституцией. Взамен Император Наполеон I де Бонапарте образовал в Германии Рейнский Союз из 36 немецких государств под своим председательством.

Австрийская Империя отступила, но не смирилась со своим поражением и приниженным статутом.