Санкт-Петербургский владыка

С увольнением, 16 (29) октября 1799 года, Митрополита Гавриила (Петрова) от управления Петербургской епархией Архиепископ Амвросий занял Петербургскую кафедру в звании Архиепископа Санкт-Петербургского, Эстляндского и Выборгского.

В следующем же году, 19 декабря (1 января), после оставления Митрополита Гавриила на покой, в его управление передана и Новгородская епархия.

10 (23) марта 1801 года одним из последних Высочайших Указов Государя Императора Мученика Павла I Петровича владыка Амвросий Высочайше возведен был в чин Митрополита.

Новый Санкт-Петербургский Митрополит проявлял деятельную заботу об улучшении церковного пения и водворении благочиния в храмах.

16 лет правил он столичной епархией без викария. Особенно близки его сердцу были дела духовного образования, в то время переживавшего годы возрождения.

По его указаниям, в 1805 году Епископом Старорусским Евгением (Болховитиновым), впоследствии Митрополитом Киевским и Андреевским кавалером, составлен был проект преобразования духовных училищ и представлен Государю Александру I Благословенному, много потрудившемуся о Православии.

Преосвященный Амвросий был членом Комитета об усовершенствовании духовных училищ, учрежденного в 1807 году и преобразованного затем в Комиссию духовных училищ, и от новоучрежденной Санкт-Петербургской духовной Академии получил honoris causa - почетную ученую степень доктора богословия.

В Новгородской епархии устроил владыка Тихвинское духовное училище и Александро-Свирское, возобновил Кирилловское и Новгородское, завел новые училища при Старорусском и Каргопольском монастырях, также Устюжское. Содействовал много заведению духовенством сельских училищ. При этом владыка Амвросий отличался и щедрой благотворительностью.

В чине Митрополита

С четвертого (17) декабря 1803 года Высочайше был изменен титул Санкт-Петербургского владыки, и ему усвоено именование Митрополита Новгородского, Санкт-Петербургского, Эстляндского и Финляндского.

Дипломатичный и талантливый администратор, Митрополит Амвросий умел отстаивать интересы Русской Церкви и ограждать иерархию от давления всесильного обер-прокурора Святейшего Синода и кавалера, Князя Александра Николаевича Голицына (1773–1844), который был личным другом Государя Императора Александра I Благословенного.

Митрополит Амвросий не мог примириться с его политикой покровительства сектантству и мистическим течениям западного происхождения, не считал возможным разделять получившую в высших слоях общества концепцию внеконфессиального христианства и адогматической религиозности.

Митрополит Амвросий выступил с осуждением враждебной Православию деятельности обер-прокурора. Вскоре после столкновения с Князем А. Н. Голицыным в начале 1818 года владыка Амвросий переведен был в Великий Новгород.