С 1 января 2015 г. вход во все музеи и парки федерального подчинения для детей до 16 лет бесплатный

Если дети устанут, в центре можно с ними отдохнуть - посидеть в тихих садиках с горками, песочницами и т.п. например - в Михайловском саду у Спаса - на - крови и в Александровском саду - позади "Медного всадника".

Чтобы не перелопачивать весь форум - посмотрите вот эту тему - она всеобъемлюща и в ней несколько вариантов программ для детей разного возраста и пола.
http://ftour.otzyv.ru/read.php?id=92833

Замечательный опыт того, как заинтересовать ребенка
http://www.otzyv.ru/read.php?id=114761

Перед поездкой почитайте ребенку сказкуhttp://flibusta.net/b/230879/readили закажите путеводитель для него и для вас:
http://kidsbookia.ru/blog/obzory/putevoditeli-po-peterburgu-dlya-detey-chto-poka...»

http://www.kidsreview.ru/spb- специальный сайт на тему - куда пойти с детьми

http://air7.spb.ru/index.htmорганизация экскурсий и праздников ДЛЯ ГРУПП ШКОЛЬНИКОВ.

Уже 6 лет в осенние каникулы проходят "Детские дни" под девизом "Бери друзей - иди в музей!" - почитайте
http://www.museum12345.ru/

Кроме обязательной программы (Эрмитаж и т.п.) для детей, особенно мальчишек, будут очень интересны

Военно-морской музей, http://www.navalmuseum.ru/28 июля 2013г., наконец - то открылся после переезда. Правда - пока лишь частично, несколько залов. Полное открытие экспозиции может занять еще несколько лет.
Расположен он теперь в здании бывших Крюковских казарм на пл.Труда, напротив Новой Голландии.

Крейсер "Аврора",http://www.aurora.org.ru/там сейчас платный вход и экскурсии (на сайте написано "по предварительным заявкам", но, на самом деле - свободно, в дни работы) Будьте внимательны - 21 сентября 2014 г. крейсер ушел на ремонт и вернется, по прогнозам, летом 2016 г. Названа дата - 16 июля 2016 г.

Артиллерийский музей http://www.artillery-museum.ru/расположен на набережной за Петропавловской крепостью, в красном кирпичном здании бывшего Арсенала,(там можно полазать по всяким пушкам, стоЯщим у входа)

ледокол "Красин" - за Благовещенским мостом (бывш. мост Лейтенанта Шмидта) у Горного университетаhttp://www.krassin.ru/,или недалеко от него -

подводная лодка С - 189 http://www.s-189.ru/

Еще одна подводная лодка, более старая (1933 г.) - "Народоволец" на Васильевском островеhttp://www.navalmuseum.ru/filials/narodovolec

При посещении "Народовольца" надо иметь в виду, что мальчишки будут в восторге - там можно все потрогать и покрутить, а вот взрослым крупной комплекции или женщинам в длинных юбках будет чрезвычайно трудно пролезать в люки между отсеками. Внутри лодки, ИМХО, идентичны, но экскурсия на "Народовольце" гораздо интереснее.

В поселке Лахта идет воссоздание первого российского боевого линейного корабля Петра I "Полтава". Закончить его должны в 2017г., но уже сейчас ход работ можно посмотреть, там большая программа
http://poltava1712.ru/

Также интересны Зоомузей http://www.zin.ru/museum/

и Кунсткамера http://www.kunstkamera.ru/- расположены рядом, у Дворцового моста.

В Петропавловской крепости много интересных мест - подземный ход,тюремные казематы (обязательно!), Печатня, Музей истории города в Комендантстком доме (обязательно!), каждый день в 12-00 стреляет пушка от Флажной башни Нарышкина бастиона(того, что смотрит на Неву), а в туристический сезон по субботам там же развод караула. Начало в 11-45.
http://www.spbmuseum.ru/themuseum/museum_complex/peterpaul_fortress/

На Шпалерной ул.д.56, напротив Таврического дворца, в здании Водонапорной башни находится музей Водоканала с несколькими экспозициями - "Мир воды Санкт-Петербурга", "Вселенная воды" - которая открылась только в 2008г. и сразу стала одним из интереснейших интерактивных музеев Европы.
http://www.vodokanal.spb.ru/content/info/universe/

Добраться туда можно от ст.м. "Чернышевская" - направо до Шпалерной ул. и по ней - тоже направо, мимо огромной стеклянной Пальмовой оранжереи - интересного сооружения, в котором снималось много фильмов - от "Чародеев" до "Шерлока Холмса" - туда тоже можно заглянуть.

Там же, на Шпалерной 60 открылся "Музей телефона" - будет интересно детям посмотреть, как они выглядели раньшеhttp://telhistory.ru

Есть в городе и очень интересный для детей, да и для взрослых "Планетарий". Находится он недалеко от зоопарка. Удобнее всего добираться от ст.м. "Горьковская" - из метро - налево, через парк - минут 5-7.http://www.planetary-spb.ru/start/

Рядом с Зоопарком и у ст.м. "Пионерская" работает театр - музей "Сказкин Дом"(для детей от 3 до 12 лет) http://www.skazkindom.ru/

Особенно зимой интересно будет посетить

Сад живых тропических бабочек "Миндо" http://sadbabochek.ru/dobro.html

"Музей бабочек "Тропический рай" - в Мучном пер.д.3http://www.i-butterfly.ru/

Пальмовую оранжерею - там тоже выставка бабочек http://www.orangeryspb.ru/

Интересна не только для детей, но и для взрослых небольшая "Галерея кукол" на Б.Морской 53/8 - недалеко от Исаакиевской пл. - оригинальные, смешные и грустные куклы авторской работы. Открыта с 12 до 19 ежедневно, кроме воскр. и понед. В субботу - до 18.

Есть и музей кукол http://www.museumdolls.ru/

Возможно вам и вашим детям будет интересно посетить "Музей варежки" на наб.р.Мойки 87.
http://www.музей-варежки.рф/

В Строгановском дворце (Невский д.17), на углу Невского и Мойки - Музей восковых фигур (там - исторические персонажи) - обратите внимание на окна 1-го этажа дворца.http://www.wax.ru/

Буквально в 100 м от галереи кукол, на параллельной Почтамтской ул. - здание Главпочтамта - загляните. Внутри главного зала воссозданы интерьеры начала прошлого века, огромный световой купол - очень красиво. Там же можно написАть и отправить самому себе или знакомым "ретро - письмо" - чернилами и "гусиным пером" на специальной бумаге, которую потом запечатают сургучной печатью.

А рядом - музей связи с интерактивными экспонатами - говорят, детям интересноhttp://www.rustelecom-museum.ru/

Летом с четверга по воскресенье функционируют 2 ветки Детской железной дороги в Озерках и от станции м."Купчино" в Пушкин - открылась летом 2011г. Сайта у них нет, но, по последней информации (июнь 2015 г.) та, что в Купчино, работает в четверг - воскресенье с 10 - 30 до 16 часов, раз в час.http://rzd.ru/ent/public/ru?STRUCTURE_ID=5185&layer_id=5554&id=560#5728Расписание на 2015 г.http://vk.com/topic-3853065_32071547
Вход из вестибюля ст.м."Купчино" (там, где турникеты) в специально обозначенную дверь.

Еще на тему железной дороги - особенно, опять - таки, для мальчишек музей ж/д транспорта
http://railroad.ru/cmrt/- там действующие модели поездов и т.д. и

музей паровозов и подвижного состава
http://www.zateevo.ru/?section=page&alias=muz_para

Есть и городской музей электротранспорта на Васильевском острове - Средний пр. 77
http://www.electrotrans.spb.ru/4/page92.html
Сайт у них никакой, вот посмотрите отзыв о музее, там есть и расписание работы
http://www.otzyv.ru/read.php?id=161719(спасибо Костик)

На летний сезон 2015 г. они анонсировали экскурсионную поездку на ретро - трамвае

http://getmuseum.ru/novosti/2015/46_so_2_maya_ekskursionniy_marshrut_vozvraschae...»

В теплое время года целый день можно потратить на аттракционы "Диво-острова" –http://www.divo-ostrov.ru– парк европейского уровня расположен напротив ст.м. "Крестовский остров".http://www.otzyv.ru/read.php?id=127617

Недалеко, по адресу Константиновский пр.19 работает "Дельфинарий" с шоу дельфинов. Там же можно с ними поплавать.
http://dolphinarium.ru/main.php

Там же, недалеко от ст.м. "Крестовский остров" можно провести время на веревочных аттракционах "Высотного города" - если детям надоедят дворцы и музеи или вы хотите "выпустить пар" из вашего гиперактивного ребенка. Он оценит.
http://www.stimul-tb.ru/vysotnyi-gorod.htmlДобраться можно и от ст.м."Чкаловская" - идти примерно столько же, как и от "Крестовского острова" - чуть более километра.

Еще подобные "КингКонг парк" на пр. Обуховской обороныhttp://kingkongpark.ru/highparks/park_babushkina/

и «Норвежский парк Орех» на ул.комиссара Смирнова 15А (ст.м."Черная речка") и в ЦПКиО на Елагином острове

http://elagin.norwaypark.ru/npe/

Совсем уж экстремальный "отрыв" - возможность полетать в "аэротрубе". Впечатления, по словам очевидцев - незабываемые, но, надо заказывать заранее.
http://flystation.net/

В городе работают 3 аквапарка. Самый большой "Питерлэнд Аква" http://aqua.piterland.ru/Поменьше – "Питерлэнд - 2" – позади гостиницы "Прибалтийская", ст.м. "Приморская", оттуда на маршрутках, ул. Кораблестроителей 14. Режим работы у них одинаковый. Еще поменьше – "Родео – Драйв" http://www.aqua-rodeo.ru– от ст. м. "Политехническая" – на трамвае, троллейбусе, маршрутках до "Родео-Драйв" – минут 10. От ст. м. "Озерки" ходит бесплатная маршрутка с логотипом "Родео-Драйв".

Океанариум http://www.planeta-neptun.ruнаходится на ул. Марата д.86, в ТЦ "Планета Нептун" (рядом с ТЮЗом) – от ст.м. "Пушкинская"- направо, можно дойти по указателям.Даже удобнее добираться от ст.м. "Звенигородская" - выйдя из метро обойти желтый дом напротив выхода и пройти через сквер.
Там же - Интерактивный аттракцион "TRANSFORCE" http://www.trans-force.ru/,будет интересен прежде всего мальчишкам, как "космическая стрелялка".
Там же - интерактивный парк аттракционов "Дино - парк" с большими движущимися фигурами динозавров.http://www.dino-park.ru/

Летом работают "музыкальные фонтаны" – у ст.м. "Московская" и у Финляндского вокзала. Музыкальные программы начинаются, как правило, после 21-00, в начале часа. У фонтанов находится расписание с режимом работы.Пока не известно,будет ли летом работать фонтан на Стрелке В.О.

В ТЦ "Радуга" у ст. м. "Парк Победы" находится кинотеатр системы "IMAX" - потрясающие стереоэффекты на огромном экране. От метро до ТЦ ходит бесплатный автобус. Еще один - в ТРК "Галериа" у Московского вокзала.

Зоопарк в Питере, ИМХО,недостоин города,хотя в отзывах его назвали "душевным", мне лично безумно жаль животных, сидящих в тесных клетках в самом центре города.Но в 2008 г. открылась "контактная" площадка,на которой собраны небольшие и неагрессивные животные и птицы, включая корову - их можно погладить.
http://www.spbzoo.ru/
Есть еще совсем небольшие зоопарки на Елагином и Крестовском ("зоопарк имени Чебурашки" у ресторана "Карл и Фридрих") островах - если будете там гулять.

Научно - познавательный интерактивный музей для детей "ЛабиринтУм" Адрес: м. "Петроградская", ул. Льва Толстого, д. 9а (Дом Декора "Толстой Сквер"), 6 этаж (войти в здание, сразу повернуть налево, за стеклянной дверью будет лифт).http://www.labirint-um.ru.
Еще один "ЛабиринтУм" должен открыться в конце декабря 2015 г. в ТРК "Питер - Радуга" cт. м. Парк Победы, пр-т Космонавтов, д. 14,

Или, если не лень ехать - похожий "Иллюзиум" http://illusium.org/

В ТРК "Гранд Каньон" создатели "Сказкиного дома" и "ЛабиринтУма" открыли детский центр формата learn and play — город профессий "КидБург". На арендованной площади в 2,8 тыс. кв. м тренеры — студенты педагогических ВУЗов будут помогать детям осваивать 50 новых профессий в игровой форме. Пока он работает едва ли на треть, но, думаю, к лету откроется все. Так что настоятельно рекомендую. Там ведь еще и множество магазинов с детским ассортиментом, вплоть до "Ecco" и "Adidas" kids и театр с разнообразным репертуаром, включая джазовые концерты. Там же в комплексе отдельный парк аттракционов "Crazy Park", естественно - многозальный кинотеатр, ресторанный дворик и ресторанная улица, а рядом с комплексом - крытый каток. Вообщем, если хотите разбавить впечатления детей (10 - 12 лет и меньше) от "лепнины и позолоты", то - в хорошую погоду - "Диво - остров", в плохую - "Гранд Каньон".
http://дивныйгород.рф/places/kidburg/
Еще один "Кидбург" открылся в ТРК "Питер - Радуга" cт. м. Парк Победы, пр-т Космонавтов, д. 14, +7 (812) 336-46-06

Легко можно провести несколько часов с детьми (например, скоротать время до поезда)в большом зале аттракционов "HAPPYLON" на 5 - м этаже ТЦ "Галериа" у Московского вокзала - на Лиговском пр. Там куча всяких игровых автоматов, "стрелялок" и многоуровневых "лазалок" для детей. Но - готовьте кошелек.
http://spb.happylon.com/

В ТРК "Питерлэнд", там, где аквапарк, работает и комплекс аттракционов "Космопорт" http://www.kosmo360.ru/

По адресу Невский пр. д.5 открылся необычный аттракцион "Дом вверх дном" Почитайте
http://kudago.com/spb/news/v-gorode-poyavilsya-muzej-dom-vverh-dnom/
Но там - комнаты, а полноценный "дом" - рядом с парком Диво остров на Крестовском острове.

Рядом, на Б.Морской д.5 - "Дом великана", внутри несколько аттракционов для детейhttp://bm5spb.ru/

Еще одно необычное мероприятие - костюмированные балы в Елагином дворце http://elaginpark.org/fr?id=364

И еще совет, как вот он не покажется вам странным - если приезжаете " в сезон", с мальчишкой - попробуйте сводить его на хоккей. Хоккейный клуб СКА сейчас тренд покруче "Зенита" (потому на футбол и не советую). Атмосфера, по мнению самих хоккеистов не хуже НХЛовской, очень многие ходят с детьми. Правда, билеты купить не просто, но, зато можно заранее и по Интернету - на входе принимают и электронные распечатки, и даже "билет в телефоне", так что заморачиваться с очередями не надо.

Деликатный вопрос - о туалетах.В центре - на Дворцовой, у Военно-Морского музея они расположены в специальных автобусах. По городу - почти у всех станций метро и в людных местах - синие или зеленые кабинки или пластиковые павильоны. Но все они, увы, платные. Осталось еще несколько бесплатных - назову те, которые знаю (кто еще знает - помогайте). Итак:

можно зайти в фойе Эрмитажа с Дворцовой площади и спуститься в гардероб - если не будет очереди;
-В универмаге "Гостиный Двор" на 1-м этаже Садовой линии,ближе к Невскому, и Перинной - ближе к ул. Ломоносова.
-в бутиковом центре "Гранд Палас" - рядом с "Пассажем" - надо подняться на 2-й этаж,(в самом "Пассаже"- платные в конце галереи - у выхода на Итальянскую ул.). В ТРК "Галерея" на пл.Восстания. Бесплатные туалеты в Нижнем парке Петергофа. Кроме того, если зайти (только не толпой) в небольшие или сетевые заведения типа Макдональдс - на Б.Морской, Самсон - на углу Гороховой и Б.Морской, то тоже - можно воспользоваться. Да и в другие кафе в центре.