Филогения хордовых

Предками хордовых считают гипотетических первич-нохордовых, близких к полухордовым. От них произошли оболочники и бесчерепные. Дивергенция этих групп произошла в кембрии — более 500 млн. лет назад. Тогда же появились первичные черепные. В ордовике (500—440 млн. лет назад) от первичных черепных ответвились бесчелюстные — предки щитковых (вымерли в конце девонского периода) и круглоротые. В ордовике первичночерепные дали челюстноротых, которые в силуре (440—400 млн. лет назад) дали начало панцирным рыбам (плакодермам), возможным предкам хрящевых рыб. Челюстноротые дали начало акантодам, от которых в конце силура дивергировали костные и, возможно, хрящевые рыбы. Позвоночные развивались в пресных водоемах.

Сопротивление течению воды обусловило появление метамерии, на месте хорды — более плотного скелета — позвоночника, а также конечностей и черепа. В девоне (400—350 млн. лет назад) уже были все подклассы рыб: хрящевые, костнохрящевые, костные, двоякодышащие, кистеперые. Девон называют веком рыб. От кистеперых (рипидистий) произошли стегоцефалы - панцирноголовые амфибии, давшие предков хвостатых и бесхвостых амфибий, а также предков рептилий.

Карбон - "век амфибий". Почти 75 млн. лет господствовали амфибии на суше. В карбоне появились котилозавры — древнейшие пресмыкающиеся, потомки стегоцефалов. В процессе эволюции котилозавры дали тероморфных звероподобных рептилий (предковтериодонтов — зверозубых рептилий, предков млекопитающих), архозавров (предков динозавров, птерозавров, крокодилов, птиц), эозухий (предков гаттеРИИ, ящериц, змей) и черепах. Птицы — потомки древних рептилий (архозавров-орнитозухий), произошедших от котилозавров. Псевдозухии передвигались на задних ногах. Некоторые из них обитали на деревьях и могли планировать в воздухе.

Ближайшие родственники птиц — крокодилы и динозавры. Млекопитающие произошли от древних примитивных рептилий — зверозубых ящеров (териодонтов). Раннее ответвление млекопитающих — однопроходные, яйцекладущие млекопитающие (ехидна, утконос). Предками сумчатых и плацентарных млекопитающих были вымершие цинодонты — зверозубые рептилии с трехбугорчатыми зубами. От этого отряда в результате адаптивной радиации появились отряды приматов, грызунов, рукокрылых, древних хищников. От последних произошли современные хищные, ластоногие, китообразные и примитивные копытные. Приматы в своем происхождении связаны с древними насекомоядными, обитавшими на деревьях.